1927 yılında kurulan Pendik Spor Kulübü, Türkiye’nin en eski spor kulüplerinden biridir. Kulüp, forma rengi olarak milli takımın renkleri olan kırmızı ve beyazı benimsemiştir. Kulübün kurucular listesinde Şükrü Çetin, Yüksel Günay, Aydın Bayraktar, Ali Aksungur ve Muhammed Derbent gibi isimler bulunmaktadır.
Pendik Spor Kulübü, 1950 yılına kadar resmi prosedürlere bağlı olmaksızın faaliyetlerini sürdürmüş ve oynadığı özel maçlarda aldığı başarılı sonuçlarla Anadolu yakasının en çok sevilen takımları arasında yer almıştır.
Kulübün kurulduğu ilk yıllarda “Pendik Gençler Birliği” adını taşıdığı, çeşitli turnuvalara katılan bir yaz takımı olduğu ve bu dönemde Pendik’te yapılan müsabakalard Fenerbahçe, Beşilteş, Vefa gibi pek çok büyül kulübü mağlup ettiği bilinmektedir.
1950’den sonra resmi statüye kavuşan kırmızı-beyazlı kulüp, 1982-83 sezonuna kadar amatör kümelerde mücadele etmiştir. 1984 yılında 3. Lig’in kurulması ile profesyonel statü kazanan kulüp 1992-1993 yılına kadar 3. ligde yer almış, bu sezon amatöre düşen takım ertesi yıl tekrar 3. Lig’e yükselmiştir.
1997-1998 sezonunda 3. Lig’de Şampiyon olarak -şu an 1.Lig olan- Türkiye 2. Ligi’ne çıktı, bu ligde 2 sezon mücadele etti daha sonra 1999-2000 sezonunda tekrar 3. Lig’e düşmüştür.
